Osídlenie bratislavského hradného kopca siaha hlboko do praveku. Výhodnú pozíciu nad riekou Dunaj využili na vybudovanie výšinnej osady už v období eneolitu (cca 2 500 rokov pred Kr.) a taktiež v staršej dobre železnej (8. – 6. storočie pred Kr.).

Strategická poloha na križovatke významných obchodných ciest pri dunajskom brode aj keltských Bójov viedla k vybudovaniu významného oppida, ktorého centrom bol práve hradný kopec. Nedávny archeologický výskum na nádvorí hradu a v jeho okolí priniesol významné doklady o vyspelosti tunajších vládcov, známych už skôr vďaka nálezom zlatých i strieborných mincí, ktoré v Bratislave razili. Ukázalo sa, že svoje kamenné sídlo si v 1. storočí pred Kr. dali postaviť skúsenými majstrami z Rímskej ríše.

Staroveký Rím pri svojej územnej expanzii na prelome letopočtu prekročil aj Dunaj a prirodzene využil vo svojom obrannom systéme aj bratislavský hradný kopec, podobne ako to bolo v prípade neďalekého Devína. Na rozdiel od neho sa však v Bratislave zatiaľ nenašli zvyšky stavieb z rímskeho obdobia, len druhotne použitý materiál z nich, ktorý dokazuje prítomnosť XIV. rímskej légie.

Najstaršia písomná zmienka o Bratislavskom hrade sa viaže k roku 907, keď sa pod menom Pressalauspurch spomína v Salzburských análoch v súvislosti veľkou bitkou medzi Maďarmi a Bavormi. Toto meno nieslo významné veľkomoravské hradisko vybudované v priebehu 9. storočia. Drevozemné opevnenie chránilo areál, v ktorom stála okrem drevených stavieb aj murovaná trojloďová bazilika a zrejme aj kamenný palác, ktorého základy boli taktiež odkryté. Rozmery spomínanej baziliky ju radia medzi vôbec najväčšie sakrálne stavby Veľkej Moravy, čo naznačuje, aký význam malo bratislavské hradisko v tomto období.

Po zániku Veľkomoravskej ríše Maďari dobili a zničili aj sídlo na bratislavskom hradnom kopci, pri budovaní uhorského štátu však aj oni využili výhodnú polohu a vybudovali tam svoj hrad, ktorý sa v 11. storočí stal aj sídlom jedného z komitátov – žúp. V súvislosti s novou funkciou bol taktiež na zvyškoch veľkomoravskej baziliky postavený nový kostol zasvätený Najsv. Spasiteľovi, pri ktorom vznikla bratislavská kapitula slúžiaca okrem iného aj ako hodnoverné miesto, akýsi predchodca notárskeho úradu. V 70. rokoch 11. storočia bol hrad sídlom uhorského kráľa Šalamúna, ktorý bojoval s Gejzom. V druhej polovici 12. storočia postavili na hrade kamenný románsky palác.

Hneď na začiatku 13. storočia došlo na žiadosť kráľa Imricha k presunu kapituly do podhradia. Dôvodom tohto kroku bola snaha kráľa obmedziť bezpečnostné riziko vyplývajúce z potreby umožniť vstup veriacim do areálu hradu. V roku 1221 bol do podhradia na miesto dnešného Dómu sv. Martina presunutý aj kostol. Pôvodný chrám na hrade následne zanikol.

Obdobie 13. storočia sa nesie v znamení rozsiahlej stavebnej činnosti, z veľkej časti podmienené vpádom Tatárov, ktorým sa však Bratislavský hrad ubránil. Možno ešte pred rokom 1245 bola postavená reprezentatívna obytná veža – donjon, s pôdorysom 22 x 22 metrov, pričom hrúbka jej múrov dosahovala 2,35 metra. Po tatárskom vpáde sa začala rozsiahla prestavba celého hradu, ktorej cieľom bolo zvýšiť odolnosť stále ešte drevozemného opevnenia hradného areálu. Priamo do valu boli preto vstavané kamenné veže. V tomto období bola postavená aj najstaršia časť dnešného hradu – Korunná veža v juhozápadnom nároží. Bola súčasťou opevnenia akropoly Bratislavského hradu so spomínaným dojnonom.

Po relatívne pokojnom 14. storočí došlo k ďalším prácam počas vlády kráľa Žigmunda (1387 – 1437). Keďže sa snažil získať českú korunu a potlačiť aj husitské hnutie, potreboval na ceste do Českého kráľovstva bezpečné sídlo, ktorým sa stal práve Bratislavský hrad. Po roku 1423 došlo k vybudovaniu murovanej hradby východného a severného opevnenia  a predhradia. Tá funkčne nahradila drevozemné opevnenie, ktorého počiatky siahali ešte do čias Veľkej Moravy. Na severnej strane opevnenie zosilňovali dve delové veže prístup do hradu z juhovýchodu a juhozápadu strážili prejazdné veže s bránami. Zachovala sa len juhovýchodná veža obrátená k mestu, ktorá je reprezentačnou ukážkou svetskej neskorogotickej architektúry s bohatou kamenárskou výzdobou a sieťovou klenbou podjazdu.

Rozsiahla prestavba sa dotkla aj samotného jadra hradu s obytnými priestormi. Mohutný donjon spolu s väčšinou opevnenia akropoly boli zbúrané a nahradené mohutnou štvorkrídlovou stavbou na pôdoryse nepravidelného lichobežníka. Išlo o podobný typ opevneného kráľovského sídla, aký poznáme napríklad zo Zvolena či Vígľaša, a ktorý nadväzuje na talianske kastely. V južnom a východnom krídle hradu boli obytné a reprezentatívne priestory, ďalšie dve krídla slúžili na hospodárske a prevádzkové účely.
Nezariadenú  stavbu využíval ako svoje sídlo niekoľko rokov uhorský kráľ Ladislav Pohrobok, po smrti ktorého (v roku 1454) význam hradu upadá.

Karta sa obrátila v súvislosti s expanziou Osmanskej ríše, ktorej vojská v roku 1529 dobyli vtedajšie hlavné mesto Uhorska Budín. Novým hlavným mesto kráľovstva, ktorému už vládli Habsburgovci, sa stala Bratislava a Bratislavský hrad v tejto súvislosti prešiel renesančnou prestavbou v rokoch 1552 – 62. Už rok po ukončení prestavby sa na hrade konali slávnosti spojené s korunováciou Maximiliána II. za uhorského kráľa. Od druhej polovice 16. storočia  do obdobia vlády Jozefa II. bola  Korunná veža miestom uchovávania uhorských korunovačných klenotov.

Vojnové udalosti tureckých vojen a protihabsburských povstaní zasiahli aj Bratislavský hrad, ktorého zlý stav si vyžiadal rozsiahlu barokovú obnovu po roku 1629 realizovanú cisárskym architektom Carlonem. Na stavbu dozeral aj Pavol Pálfi, ako dedičný kapitán Bratislavského hradu. Na hrade boli vymenené strechy, palác bol nadstavaný aj o jedno podlažie, čím získal dnešné proporcie. Na tri nárožia postavili vežičky a došlo aj k zjednoteniu fasád a úpravám interiéru. Opevnenie hradu bolo posilnené výstavbou tzv. Leopoldovho bastiónu.

Za vlády Márie Terézie areál Bratislavského hradu prešiel rozsiahlou prestavbou pre potreby uhorskej rezidencie panovníčky. Hrad sa v tej dobe taktiež stal sídlom uhorského miestodržiteľa Alberta Sasko-Tešínskeho. Okrem úprav samotného hradu, ktoré mali zvýšiť jeho reprezentatívnosť a pohodlie, došlo aj k jeho rozšíreniu o viaceré prístavby. Z východnej strany k nemu pristavili zv. Tereziánium, kde boli obytné priestory, zo severu bola pristavená krytá jazdiareň spolu s barokovou záhradou a záhradným pavilónom. K západnej strane pribudla hospodárska prístavba.

Obratom v histórii Bratislavského hradu bol nástup Jozefa II. na panovnícky trón. Ten zrušil úrad uhorského miestodržiteľa a krajinské úrady presunul z Bratislavy do Viedne. Tým stratil nedávno dokončený hrad v podobe reprezentatívnej rezidencie svoje využitie. V roku 1784 sa tu usídlil generálny seminár, ktorý vychovával kňazov katolíckej cirkvi. Jedným z jeho absolventov bol napríklad aj Anton Bernolák. Hrad však novému účelu veľmi nevyhovoval.

Novým užívateľom Bratislavského hradu sa v roku 1802 stala armáda a pôvodné reprezentatívne priestory sa zmenili na ubytovne pre vojakov. To sa stalo hradu aj osudnými, keďže v roku 1811 spôsobili vojaci svojou neopatrnosťou požiar, pri ktorom vyhorel objekt paláca i mnoho domov v podhradí. Palác sa premenil na ruinu, avšak areál hradu naďalej využívala armáda pre svoje potreby.
Tento stav sa začal meniť po druhej svetovej vojne, kedy armáda z Bratislavského hradu odišla. Prvým civilným využitím hradného areálu bola výstavba amfiteátra na severnej terase hradu, pri ktorej došlo k významnému zásahu do terénu.

K obnove samotného hradu sa pristúpilo v roku 1953. Iniciátorom myšlienky bol spisovateľ a maliar Janko Alexy a autormi projektu Alfréd Piffl a Dušan Martinček. Rekonštrukčné práce prebiehali v rokoch 1956 – 68 a ich cieľom bolo obnoviť hrad do jeho podoby z tereziánskeho obdobia. Hrad sa, už ako národná kultúrna pamiatka, stal priestorom pre expozície Slovenského národného múzea a nachádzali sa tu aj reprezentačné priestory Slovenskej národnej rady.

Ďalšia komplexná obnova samotného hradu, tentoraz už spojená aj s podrobným archeologickým a historicko-architektonickým výskumom, sa realizovala v rokoch 2008 – 2014. Financovala ju Národná rada Slovenskej republiky a je súčasťou rozsiahleho projektu rekonštrukcie podoby hradu a jeho okolia do podoby, akú mal po prestavbe za vlády Márie Terézie. Jeho súčasťou je aj obnovenie už nezachovaných častí hradu, vrátane severnej záhrady so záhradným pavilónom. Výskum predchádzajúci rekonštrukcii priniesol viaceré zaujímavé a dovtedy neznáme poznatky o dejinách hradu i staršieho osídlenia.